其次是结构配置不同。普通空调只有简单的滤网，主要过滤毛发、大颗粒灰尘；洁净空调配置初效、中效、高效三级过滤器，精度逐级提升，风量更大，风机压头更高，能够克服过滤器与风管的阻力。
第三是控制精度不同。普通空调温湿度控制精度较低，满足日常舒适即可；洁净空调对温湿度、风量、压差的控制精度要求更高，保障洁净环境参数稳定，很多场景还需要配备加湿、除湿、中效过滤段等特殊模块。
第四是能耗与运维不同。洁净空调风量大、风压高，运行能耗远高于普通空调；同时需要定期更换各级过滤器，运维成本更高，对运维人员的专业要求也更高。