首先，洁净等级越高，建设成本越高。高等级车间需要更大的风量、更多的高效过滤器、更严格的密封处理，百级车间的造价可能是万级的数倍。如果生产工艺只需要万级，做百级车间就是不必要的成本投入。
其次，运行成本差异很大。洁净等级越高，换气次数越大，风机功率越高，电费、过滤器更换等长期运行成本会成倍增加。不必要的高等级，会持续增加企业的生产成本。
第三，等级过高不一定更好用。高等级层流车间对设备摆放、人员走动要求很高，遮挡物会破坏层流效果，反而影响局部洁净度。普通生产车间用乱流万级，布局更灵活，反而更适合生产操作。
合理的做法是：根据生产工艺、产品要求、行业规范确定最低需要的洁净等级，关键工序区域做高等级，辅助区域做低等级，分区规划，既满足生产规范，也能控制建设与运维成本。
如果后续工艺升级，也可以再对局部区域进行升级改造，没必要一开始就全车间做最高等级。
